采用低溫對番茄濃縮物進行凍結，然后在高真空狀態下水分進行升華而進行干燥。所得番茄仍然保留它們原有的結構，而不損害它原來的形狀和大小。因此，冷凍干燥的顆粒具有多孔結構，保留著原來由水分所占據的空間而沒有塌陷，從而有利于產品的迅速復水。但是該法能耗大，而且冷凍干燥設備非常昂貴，從而得到的產品成本高。