枯草芽孢桿菌：

具有活化土壤解磷解鉀、改良土壤，促進作物生根提高營養物質的吸收，增強作物免疫抗病害。

膠凍樣芽孢桿菌：

也稱硅酸鹽菌 分解硅酸鹽礦物質。具有較強的抗逆性，環境適應性強，具有高效解磷功能，為植物提供養分，能改善土壤板結等問題。

地衣芽孢桿菌：

具有解磷、解鉀，分泌蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶等功能性酶，產生拮抗病原菌的活性物質。

巨大芽孢桿菌：

解鉀溶磷產有機酸、降解水體亞硝酸鹽。繁殖速度快，具有較強的抗逆性，適應性強，具有較高的降解土壤有機磷的功效，可以分解大分子有機物質。

假單胞菌：

能在低溫條件下迅速生長繁殖，分泌吲哚乙酸，赤霉素等次級代謝物，菌株對作物有促生作用。

哈茨木霉：防治疫病、灰霉病、紋枯病、立枯病等多種土傳病害，能分泌赤霉素促進作物生長。

淡紫紫孢菌：防治根結線蟲，促進植物生長，分泌多種功能酶，降解殘留農藥。

釀酒酵母：分泌各類促生長物質，改良土壤、促進植物根系發育，減少病害，提升地溫，分解大分子有機質。

目前用于水溶性肥料的功能型微生物菌劑主要包括：固氮菌劑、溶磷菌劑、解鉀菌劑、生防菌劑、促生菌劑與復合微生物菌劑等。

固氮菌劑：

自然界中已發現多種固氮菌，在農業應用中已經制成多種固氮菌劑產品。能固氮的微生物有50多個屬100多種，包括細菌、放線菌、藍細菌（藍藻）等原核生物。根據固氮特性分為自生固氮體系、共生固氮體系、聯合固氮體系三類。

自生固氮體系能獨立固氮，如：圓褐固氮菌、棕色固氮菌、肺炎克氏桿菌等。自生固氮菌在自由狀態下將從空氣中吸收氮氣，繁殖后代，并將微生物殘體供給作物，讓作物得到氮素。固氮效率低，固氮量少，但在增加土壤有機氮化合物作用巨大。

共生固氮微生物必須與相應的植物建立共生體系才能固氮，是自然界固氮效率**的一個體系，約占生物固氮量的50%。

聯合固氮體系介于自生固氮和共生固氮之間的中間類型，聯合固氮菌與宿主根系之間是一種松散的聯合關系，這類固氮微生物能獨立固氮，但是固氮活性低，與相應的植物共棲后固氮活性增強。

溶磷細菌：磷作為植物三大必需元素之一，在生長發育中富集在新芽和根尖的生長點。在植物體內的磷主要以磷酸根的形態存在，土壤環境中95%以上的磷素植物難以直接利用吸收。磷細菌能把難溶性磷酸鹽活化，轉化為易被作物吸收的形態。溶磷細菌的使用，提高植物對磷素的吸收量，減少使用磷酸鹽肥料，有效延緩土壤退化。

溶磷能力較強的主要有：芽孢桿菌屬、假單胞菌屬。

解鉀細菌：硅酸鹽細菌，也叫鉀細菌，主要為膠質芽孢桿菌的變種和環狀芽孢桿菌及其它鑒定的菌株。鉀細菌能把土壤中的鉀長石、磷灰石等不溶性的硅酸鹽礦物質中難溶性鉀、鈣、硅、鎂等養分轉化為可溶性養分。

生防細菌：生物防治是一種無害、無污染的植物病害防治方案，對環境友好。生防菌主要有：真菌、細菌、放線菌等。

生防真菌：木霉菌、毛殼菌、酵母菌、淡紫紫孢菌、厚壁孢子輪枝菌及菌根菌。

生防細菌：芽孢桿菌、假單胞菌、放射性土壤農桿菌和巴氏桿菌。

生防放線菌：鏈霉菌及其變種。

促生菌劑：植物促生菌被界定為有利于植物生長發育自由生活的土壤、根際、根表、葉際的細菌、真菌、放線菌。主要是根際促生菌和內生促生菌，葉際促生菌研究較少。

復合微生物菌劑：

兩種及以上且互不拮抗的功能型微生物菌種通過合理配伍制成的微生物復合菌劑，具備固氮、解磷、解鉀、促生、防病、抗重茬等功能中的多種或全部功能。