無菌室的設計要按國家標準-2001《潔凈廠房設計規范》、國家藥品監督管理局頒發的《藥品檢驗所實驗室質量管理規范（試行）》中第十八條規定執行。

微生物實驗室無菌室的施工、安裝、驗收應按國家行業標準JGJ71-1990《無菌室的施工及驗收規范》執行。對于微生物檢測工作者和使用管理者來講，更大量的工作是進行正常管理到日常的使用。無菌室的標準要符合GMP潔凈度標準要求。